« Mambas » comme l'appelaient ses partisans, était un homme du sérail. Un intellectuel qui a fait toutes ses classes au sein du PAIGC, le Parti africain pour l'indépendance de la Guinée-Bissau et du Cap-Vert.

Malam Bacaï Sanha a pris part à la lutte pour l'indépendance contre la puissance coloniale portugaise, non pas en tant que combattant mais comme instituteur dans les zones libérées.

Diplômé de sciences politiques en ex-Allemagne de l'Est, il regagne son pays et devient gouverneur de plusieurs régions avant de diriger l'Assemblée nationale en 1994.

Entre 1999 et 2000, après le coup d'Etat de 1998 contre le président Joao Bernardo Viera, il devient président par intérim à la demande de la junte. Il échouera aux deux élections présidentielles suivantes et devra attendre 2009 pour être élu.

La Guinée-Bissau sort alors d'une période de turbulence extrême et reste tiraillée entre des luttes d'influence au sein de l'armée, et d'autres au sein du parti au pouvoir le PAIGC. Malam Bacaï Sanha entretient d'ailleurs des relations houleuses avec son Premier ministre, Carlos Gomes Junior, qui contrôle des pans entiers du parti.

Alors que l'ONU qualifie la Guinée-Bissau de narco-Etat, Malam Bacaï Sahna place son mandat sous le signe de la lutte contre les trafiquants, sans grands succès cependant. Il n'arrive pas à mettre au pas une armée réticente à la moindre réforme et impliquée, pour certains de ses dirigeants, dans les trafics qui minent le pays.